Table 1 PCR-based protocols for the detection of various pathogens used in this study

Anaplasmataceae

16S rRNA

(345 bp)

EHR16SD-for:

GGTACCYACAGAAGAAGTCC

EHR16SR-rev:

TAGCACTCATCGTTTACAGC

95 °C/2 min; 35 cycles:

94 °C/1 min, 54 °C/30 s,

72 °C/30 s; 72 °C 5 min

[113]

Babesia^a

18S rRNA

(700 bp)

BTH-1F:

CCTGAGAAACGGCTACCACATCT

BTH-1R:

TTGCGACCATACTCCCCCCA

94 °C/2 min; 40 cycles:

95 °C/30 s, 68 °C/1 min,

72 °C/1 min; 72 °C 10 min

[114]

18S rRNA

(561 bp)

GF2:

GYYTTGTAATTGGAATGATGG

GR2:

CCAAAGACTTTGATTTCTCTC

94 °C/2 min; 40 cycles:

95 °C/30 s, 60 °C/1 min,

72 °C/1 min; 72 °C 10 min

[115]

Bartonella

16S–23S rRNA

(179 bp)

bartgd_for:

GATGATGATCCCAAGCCTTC

B1623_rev:

AACCAACTGAGCTACAAGCC

95 °C/10 min; 30 cycles:

95 °C/15 s, 60 °C/1 min,

72 °C/20 s; 72 °C 5 min

[37]

Filarioidea^b

coxI

(668 bp)

COlint_F:

TGATTGGTGGTTTTGGTAA

COlint_R:

ATAAGTACGAGTATCAATATC

94 °C/2 min; 8 cycles with 0.5 °C reduction/step: 94 °C/45 s, 51 °C/45 s,

72 °C/1.5 min;

25 cycles: 94 °C/45 s, 45 °C/45 s, 72 °C/1.5 min; 72 °C 7 min

[116]

Hepatozoon

18S rRNA

(620 bp)

H14Hepa18SFw:

GAAATAACAATACAAGGCAGTTAAAATGCT

H14Hepa18SRv:

GTGCTGAAGGAGTCGTTTATAAAGA

95 °C/2 min; 35 cycles:

95 °C/1 min, 58 °C/1 min,

72 °C/1 min; 72 °C 7 min

[37]

Mycoplasma

16S rRNA

(600 bp)

HBT-F:

ATACGGCCCATATTCCTACG

HBT-R:

TGCTCCACCACTTGTTCA

94 °C/2 min; 40 cycles:

95 °C/1 min, 60 °C/1 min,

72 °C/1 min; 72 °C 7 min

[117]

Rickettsia

23S/5S rRNA

(350–550 bp)

ITS_F:

GATAGGTCGGGTGTGGAAG

IST_R:

TCGGGATGGGATCGTGTG

96 °C/4 min; 35 cycles:

94 °C/1 min, 52 °C/1 min,

72 °C/2 min; 72 °C 3 min

[118]

Trypanosomatidae^a

18S rRNA

(~1320 bp)

Tryp_18S_F1:

GTGGACTGCCATGGCGTTGA

Tryp_18S_R1:

CAGCTTGGATCTCGTCCGTTGA

96 °C/5 min; 35 cycles:

94 °C/1 min, 56 °C/1 min,

72 °C/1 min; 72 °C 5 min

[119]

18S rRNA

(~960 bp)

Tryp_18S_F2:

CGATGAGGCAGCGAAAAGAAATAGAG

Tryp_18S_R2:

GACTGTAACCTCAAAGCTTTCGCG

96 °C/5 min; 35 cycles:

94 °C/1 min, 56 °C/1 min,

72 °C/1 min; 72 °C 5 min

Dirofilaria immitis^c

COI

(203 bp)

DI COI-F1:

AGTGTAGAGGGTCAGCCTGAGTTA

DI COI-R1:

ACAGGCACTGACAATACCAAT

94 °C/2 min; 32 cycles:

94 °C/30 s, 58 °C/30 s,

72 °C/30 s; 72 °C 7 min

[120]

Dirofilaria repens

COI

(209 bp)

DR COI-F1:

AGTGTTGATGGTCAACCTGAATTA

DR COI-R1:

GCCAAAACAGGAACAGATAAAACT

94 °C/2 min; 32 cycles:

94 °C/30 s, 58 °C/30 s,

72 °C/30 s; 72 °C 7 min

[120]